然而，面对混乱，敌人的抵抗能力依然超乎想象，显然这里的防备力量很强，必定是重要的所在。里面，琴酒已经下令，“非战斗的医疗人员马上转移，准备启动备用电源！告诉外面的警卫人员，使用红外线夜视装备，不要大意，对方是龙魂使者！”伏特加也心有余悸，“没错，只有龙魂使者使用那把带血光的剑。”警卫们的呼救声此起彼伏，龙魂使者的推进速度超乎了想象，很多人只看到血光一闪，就失去了意识。
备用电源启动，整个实验基地乱成一团，非战斗研究人员手忙脚乱地清理物品，准备打包撤离。琴酒知道这里已经暴露，让手下督促这些人马上转移，物品全部销毁。成群的乌鸦在空中鸣叫，预示着死亡的到来。很多人不明白为什么组织那么多战斗人员却挡不住一个敌人。火光、雷鸣、电流、土石、钢铁物体不断在战斗区域闪现，许多人惨叫着丢了性命。还有许多被莫名的黑暗吞噬，爆炸不断发生，千钧动用了破坏力极大的流星爆炸力量。冲出烟尘后，千钧从地下潜入进来，继续进攻。
组织的战斗人员，渐渐从慌乱中恢复过来，开始动用威力巨大的枪械进行反击。可是千钧的速度太快，又是晚上，很多人连残影都没有看到就丢掉了性命。一些人一起向前投掷手雷，希望能炸死龙魂使者。爆炸过后，龙魂使者从后面出现了，沥血剑划过，这些人一起尸首分离。枪声火光爆炸声不断传来，组织的剩余人员正在拼命阻挡龙魂使者的推进。实验人员已经撤离了大半，剩下的来不及离开，全部被关闭在地下室，伏特加按动了爆炸钮，将那里全部摧毁了。
组织的特战小队出动了，他们是专门负责对付超级战士的。千钧刚刚闯入前面的建筑中，马上察觉到前面的敌人发出强大的气息。一个高个子怪人猛扑过来，迅如猛虎，千钧飞脚出击，将其踢飞。情人枪响，怪人毙命。千钧就地滚出去，对面已经投掷过来许多手雷。千钧也不示弱，向对面扔出了许多高爆手雷。爆炸接连响起，整个建筑都在剧烈的晃动中。千钧从爆炸中脱身出来，要不是生命原力和磁场保护，刚才也非常危险。对面冲过来几条高大的猎犬，千钧准确射击，将陆续接近的猎犬快速击毙。
一条经过特训的红色猎犬从侧面猛扑过来，千钧身体在空中回旋，沥血剑划过，猎犬被剑光粉碎。后面的驯犬人员大惊失色，这些猎犬都是改造后的猛犬，就算是特种兵也很难应付，没想到被龙魂使者轻易消减了。千钧发动了光束攻击，射出的光柱穿透了墙壁，击毙了躲藏在后面的驯犬人员。随后，有个强大的敌人出现，那人速度也非常快，而且力量很强。千钧猜测此人就是这里警卫人员的头目。双方高速移动，互相对射，都没有击中对方。头目从侧面绕过来，射出套索缠住了千钧的脚。千钧也动了，这次使用了金系力量，建筑里面的钢筋类金属夹杂巨石碎屑飞出去，一举将头目砸成了肉泥。千钧确认这个区域没有宫野志保后，继续向前推进。
前来迎战的人员注意到了，“龙魂使者似乎在找什么东西。”千钧好奇一件事情，那就是黑衣组织到底在研究什么，真的是长生不老药吗，还是类似生化危机里的药品？可是抓到的一些战斗人员也不知道具体在做什么研究，显然组织的保密工作非常到位。千钧在前进过程，遭到了各种各样的伏击。但那些战斗人员发现，龙魂使者每次都能提早发现，或者躲开伏击。负责指挥的黑衣人很震惊，“天化组织的超级战士，怎么会这么厉害？”还没等他明白，千钧已经杀到，红光杀过，鲜血四溅。一个黑衣女子从建筑后突然出现，准备开枪。千钧的枪先响了，正中女子头部，一枪毙命。
琴酒知道不妙，“马上将交战处的区域全部引爆。”伏特加大惊，“可是那里还有我们的战斗人员。”琴酒冷笑，“与其被龙魂使者杀死，不如让他们跟龙魂使者同归于尽。”伏特加同意，立即下令。巨大的爆炸声响起，将整片楼房全部炸毁，燃起了熊熊烈火。千钧费了好大力气才脱困而出，继续向前推进。等到千钧杀到琴酒所在的中心区域时，这里早就人去楼空，显然他们已经逃走了。千钧知道不好，马上以风之力量起飞离开。果然，这里随后发生了巨大的爆炸。爆炸过后，地面上一片狼藉，千钧尽力搜索了一遍，没有找到宫野志保，只好选择撤退。
这晚的战斗，持续了大约1个小时，黑暗组织的基地被彻底摧毁，人员死伤无数。早就有远处的居民报警，警视厅的人马接到消息后匆忙赶来。可是由于是新年期间，交通繁忙，大大延误了时间。在千钧离开半个小时后，山本一夫率领秘密调查局的人，赶到了现场。秘密调查局的人非常吃惊，“这里发生了战争！”
山本一夫大为恼火，“到底是哪个组织破坏了我的计划？”原来山本也查到了这个据点，正准备3天后秘密围捕，没想到千钧提前行动，反而让琴酒等人逃过了一劫。山本不是善男信女，马上下令提前启动“捕猫”计划，全力追杀黑暗组织的人。不过这次现场依然留下了不少线索，足够让山本追查。随后的追捕战斗，破坏了黑暗组织大量据点，许多地方在那天夜里燃起大火，组织的不少非战斗人员被迫放弃。
黑衣组织损失巨大，最要命的是，组织的天才科学家宫野志保失踪了。上面的boss给琴酒下了死命令，“活要见人，死要见尸。”琴酒也非常头疼，之前他把拒绝合作的雪莉铐在一个房间铁柱上。龙魂使者来袭时，到处都一片混乱，撤退时才发现雪莉莫名其妙地失踪了。琴酒并不认为雪莉被龙魂使者带走了，因为那时龙魂使者还没有杀到这片区域。琴酒猜测，可能趁着混乱，雪莉用什么方法脱离了手铐，趁机逃走了。
第二天，千钧回到住处时，筋疲力尽，几乎将所有的力量都消耗殆尽，尤其是生命力量。千钧终于意识到了，“人力终有穷尽。一个人能力再强，也很难对抗一个庞大的组织。”晚上的时候，千钧来到梅琴的住处，梅琴喝了很多酒，有些神志不清了，“千钧，来陪我喝一杯！”千钧还是第一次看到她这么伤心，“姐姐，你喝多了。”梅琴摇头，“没有啊！我是不是很没用？爸爸妈妈死后，我跟妹妹相依为命，现在妹妹也没了，我还被人利用，被人欺骗感情，什么都做不了……”
千钧将她扶住，“为什么你这么讲？你妹妹应该还活着……”梅琴露出苦涩笑容，指了指报纸，“那么多地区在一个晚上起火，还发生枪战。我虽然离开了组织，还是知道那应该就是他们的秘密据点。我的妹妹就在那些地方工作……组织的作风我很明白，如果来不及撤退，他们肯定会杀死那些非战斗人员灭口的。”在宫野明美心里，妹妹是她活着的唯一羁绊，现在这个羁绊可能已经不存在了，“我也没必要继续活着……我想爸爸妈妈，也想志保……对不起，千钧，我可能帮不了你了……”千钧大惊，“好姐姐，你不要这么讲。你要不在了，我会很伤心的。”
明美凄然笑道，“为什么？因为你失去了一个可以利用的工具吗？”千钧怒道，“你把我看成什么人了！你应该知道我不是那种人。”明美知道失言，“对不起……”千钧将明美抱住，“我喜欢你，明美姐姐！一直都是！”明美想推开他，但是没有力气了，“小坏蛋，大色狼，快放开我！不要乱来……”千钧却一直抱着她没有松开，直到明美完全冷静下来。千钧轻轻将明美抱到床上，明美大羞，不敢直视千钧的眼睛，如同落入恶狼手里的小红帽一样。千钧再也忍不住了，趁着明美酒后失意，扑了上去，与明美激烈地热吻。明美半推半就挣扎了一会儿，二人的衣服都落在床头，绿色的晶石项链也落在枕边。天空的星辰依然在闪烁，很快，明美发出娇美的呻吟声和轻叫声。这正是，“肌骨细匀红玉软，脸波微送春心。娇羞不肯入鸾衾，兰膏光里两情深。”
第二天天亮后，千钧的全身充满了力量，耗费的生命原力已经全部恢复了。昨晚上，他和宫野明美疯狂地交缠，足足要了三次，将战斗后的戾气都发泄出来。千钧有些悔意，多少有些愧疚，又有些满足，他一直希望能跟明美更进一步，这次如愿以偿。明美依然在沉睡中，玉体蜷伏在千钧怀里，肌肤如雪，上面还有欢愉后的痕迹。千钧忍不住轻轻抚摸明美的胴体，明美渐渐醒过来，抓住千钧的手，“好痒，不要再乱摸了。”千钧有些窘迫，“对不起，明美姐姐。”这正是，“海日轻红通似脸，小窗明丽新晴。满怀著甚是真情。不知春睡美，为爱晓寒轻。说似吴山楼万叠，雪销未尽宫城。湖边柳色渐啼莺。才听朝马动，一巷卖花声。”
明美勉强坐起来，身体还有些不适，昨晚上她是第一次，“大色狼，我早就知道你没安好心，就不知道怜香惜玉，晚上一个劲地要……”千钧有些尴尬，“好姐姐，我实在太喜欢你了……”明美没好气地示意，“把衣服给我……项链也拿来……”千钧急忙将衣服递过来，帮明美将衣服穿好，自然少不了一些手足之欲。昨晚上的事情，明美也早就有了心理准备，她本来就打算这次让千钧得逞的。在明美心里，她需要一份新的羁绊，能够让自己活下去的羁绊。千钧喜欢她，她是知道的，其实她也蛮喜欢千钧的，只是碍于志保的情分，这一年来，二人一直保持着暧昧关系。直到昨晚上，二人终于突破了界限，有了实质性的关系。
“一笑千金，越样情深。曾共结合欢罗带，终愿效比翼纹禽。许多时，灵利惺惺，蓦地昏沈。自从官不容针，直至而今。你共人女边著子，争知我门里挑心。记携手，小院回廊，月影花阴。”洗浴完后，二人吃过早饭，偎依在一起，说起一些私密的事情。男女之间一旦有了这层关系，自然变得更加亲密了。虽然有心理准备，但听到自己不是千钧的第一个女人，明美依然醋意大发，故意找借口将千钧指使的团团乱转。不过，在某些方面，日本的风气比较开放，像明美这样的年龄才有第一次是非常少见的，所以明美倒也没有十分生气。千钧自然曲意逢迎，伏低做小，哄明美开心。明美初尝j果，情意正浓，也没有太为难他。作为回报，千钧也告诉了明美一个天大的秘密，那就是柯南的真正身份。明美万分吃惊，“怪不得柯南那么聪明，竟然是……这种药物就是我妹妹开发出来的，真是天意啊！”
随后的新年假期里，千钧天天晚上跟梅琴腻在一起，二人正处于浓情蜜意时分自然如胶似漆，而千钧的其他女友都不在。他们并不知道，就在他们开始正式在一起的那个晚上，一个茶色头发的小女孩挣扎着来到了工藤宅的前面，当夜下着大雨，女孩晕倒在地上。阿笠博士打着伞经过，发现了女孩，就将她抱了回去。